Ontdekken virussen door cloud goed voor pandemiepreventie

Technologie heeft ie voortouw genomen erbij den treatment van den pandemie, maar is er noch ter succesvol dit te voorkomen. Waarna ie COVID-virus eenmalig wasgoed geïdentificeerd, kwam alles ter eentje stroomversnelling. Den vreemde ziekteverwekker worden in enkele weken gereconstrueerd met behulp van ‘high-throughput sequencing’ plusteken er werden screeningtests ontwikkeld. Vaccins werden ter recordtijd vervaardigd met behulp van boodschapper-RNA-technieken. Maar wij misten ie werkelijke mikpunt: eentje pandemie voorkomen vanwege den besmettelijke ziekteverwekker zo vroegtijdig mogelijk op te treinen plusteken te identificeren.

Wij weten dat den meeste nieuwe besmettelijke ziekten wordt veroorzaakt vanwege RNA-virussen diegene van dieren op mensen wordt overgedragen. Ebola, MERS, SARS, Zika, influenzavirussen plusteken SARS-CoV-2 zijn ie resultaat van dit overdracht tussen soorten. Wegens weten plusteken vreemde virussen te identificeren, hebben onderzoekers toegang totdat gigantische databanken diegene voortdurend ter omvang toenemen.

Enkel alhoewel ie Sequence Read Archive (SRA) bevatten miljoenen gigabytes aan genetische sequensen waarmee mogelijk honderdduizenden nieuwe virussen kunnen wordt geïdentificeerd. Ondanks alhoewel dit kennis hebben wij ie COVID-virus te laat ontdekt, omdat wij den enorme set aan gegevens noch snel toereikend konden gebruiken.

Cloud geven nieuwe impuls

Met den exponentiële groei van genomische gegevens liepen traditionele krachtige computers tegen hun limieten aan. Ie zullen meer dan eentje schooljaar duren wegens den SRA-databank te analyseren, tegen te hoge kosten. Dus kwam eentje internationaal team van onderzoekers op ie idee wegens met den potentieel van den AWS Cloud ie ‘Serratus Platform’ te creëren vanwege samen te werken met ie Cloud Innovation Centre (CIC) aan den University of British Columbia ter Canada.

Dit open-source wetenschappelijk project heeft mits mikpunt alle weten plusteken vreemde coronavirussen ultrasnel te identificeren plusteken te schikken mits reactie op den COVID-19 pandemie. Verwachten wordt dat dit ‘high-throughput sequencing alignment’-platform den bio-computing den komende jaren ingrijpend zou veranderen, te par met den virologie.

Serratus voldoet aan alle vorderen voordat efficiëntie. Ie hele project kostte 20.000 euro, plusteken ie duurde slechts acht weken wegens eentje cluster van 22.500 computers ter eentje sterk gecontroleerde bouwkunst op te zetwerk. Den resultaten zijn overtuigend. Serratus doorzocht 5,7 miljoen biologische monsters wereldwijd verzameld, tegenstelling 20 miljoen gigabyte aan gegevens, plusteken produceerde resultaten ter slechts 11 dagen, terwijl dit met eentje enkele rekentuig meer dan 2000 schooljaar zullen hebben geduurd.

Wereldwijd bewakingssysteem

Ie Serratus-platform heeft alhoewel geleid totdat den ontdekking van 132 000 nieuwe RNA-virussen plusteken negen nieuwe coronavirussoorten. Vóór Serratus waren slechts 15 000 RNA-virussen beroemd ter openbare databanken. Dit vorderingen zullen meehelpen totdat den totstandkoming van eentje wereldwijd bewakingssysteem, overmits den database plusteken den sequenties, gegroepeerd onder den naam ‘Open Virome’, kunnen wordt geïntegreerd ter diagnose- plusteken onderzoeksinstrumenten.

Serratus vermag zowel eentje rol spelen erbij den ontwikkeling van vaccins omdat ie evolutionaire gegevens oplevert wegens te vatten hoe virale oppervlakte-eiwitten ter den loop van den tijdstip veranderen. Dit grondige kennis diegene ie project oplevert, helpt den oorsprong van den pandemie te defini, maar nog belangrijker: eentje volgende pandemie te voorkomen. Wegens dit te doordringen is ie van cruciaal bij den verspreiding van eentje virus zo vroegtijdig mogelijk te uitvallen

Zoals real-time preventie volgende pandemie

Nu alle instrumenten voordat den verwerking plusteken anatomiseren van den sequencing gegevens vacant zijn, zullen den onderzoekers hun inspanningen uitlijnen op ie ter real time voorkomen van eentje pandemie. Dit gebeurt vanwege ie computeriseren van den gegevensannotaties diegene nodig zijn wegens vreemde virussen te identificeren.

Den pandemie heeft den essentiële rol van gegevens ter den moderne wereld onder den voetlicht gebracht. Den verzameling plusteken anatomiseren van gegevens op alle gebieden medicijnen betekent eentje revolutie ter ie research plusteken den gezondheidszorg. Zowel kunstmatige slimheid wordt steeds meer tweedehands wegens nauwkeurige analyses plusteken diagnoses te stellen. Dit vereist aanzienlijke rekenkracht, diegene inclusief den cloud tegen redelijke kosten vermag leveren.